Aceton nie jest toksyczny ani nie jest substancją szkodliwą. klasyfikowany jest jako substancja drażniąca (oznaczenie Xi) lub mogąca spowodować tymczasowe uszkodzenie zdrowia (NFPA 704 1). Jego dawki śmiertelne LD50 wynoszą: 5800 mg/kg (szczur, doustnie) oraz 7,4 g/kg (świnka morska, przez skórę)[7]. Są to parametry zbliżone do alkoholu etylowego (spirytusu). W klasyfikacji toksyczności według Hodge’a i Sternera aceton należy do grupy słabo toksycznych. Według kryteriów UE substancje o LD50 powyżej 2000 mg/kg nie są klasyfikowane jako toksyczne. Opary acetonu łatwo wchłaniają się przez płuca do krwi, która rozprowadza ten związek po całym organizmie.